享受采购国产设备退税政策的研发机构应于申报退税时，持以下资料向主管税务机关办理退税备案手续：
（一）符合现行规定的研发机构资质证明资料。
（二）内容填写真实、完整的《出口退（免）税备案表》。
其中，《出口退（免）税备案表》在《国家税务总局关于出口退（免）税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第16号）发布。其中，“企业类型”选择“其他单位”；“出口退（免）税管理类型”依据资质证明材料填写“内资研发机构”或“外资研发中心”；其他栏次按填表说明填写。
《国家税务总局关于修订〈研发机构采购国产设备增值税退税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2023年第20号）下发前已办理采购国产设备退税备案的研发机构，无需再次办理备案。
已备案的研发机构应在退税申报期内，凭下列资料向主管税务机关办理采购国产设备退税：
（一）《购进自用货物退税申报表》。
该申报表在《国家税务总局关于优化整合出口退税信息系统更好服务纳税人有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第15号）发布。填写该表时，应在备注栏填写“科技开发、科学研究、教学设备”。
（二）采购国产设备合同。
（三）增值税专用发票。
上述增值税专用发票，应当已通过电子发票服务平台税务数字账户或者增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”。
研发机构采购国产设备退税的申报期限，为采购国产设备之日（以发票开具日期为准）次月1日起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。
研发机构未在规定期限内申报办理退税的，根据《财政部税务总局关于明确国有农用地出租等增值税政策的公告》（财政部 税务总局公告2020年第2号）第四条的规定，在收齐相关凭证及电子信息后，即可申报办理退税。
研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报退税；已用于退税的，不得用于进项税额抵扣。
已办理增值税退税的国产设备，自增值税专用发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按照下列计算公式，向主管税务机关补缴已退税款。
应补缴税款＝增值税专用发票上注明的税额×（设备折余价值÷设备原值）
设备折余价值＝增值税专用发票上注明的金额-累计已提折旧
累计已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。
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